ನಂತರ ರಾಷ್ಟ್ರಪತಿ ಆಡಳಿತ ಶುರುವಾಯಿತು. ನವೆಂಬರ್ 7ರಂದು ಬಿಜೆಪಿ ಮತ್ತು ಜೆಡಿಎಸ್ ನಡುವಿನ ಭಿನ್ನಮತ ಶಮನಗೊಂಡು ರಾಷ್ಟ್ರಪತಿ ಆಳ್ವಿಕೆ ಅಂತ್ಯಗೊಂಡಿತು. ನ. 12, 2007ರಂದು ಮುಖ್ಯಮಂತ್ರಿಯಾಗಿ ಯಡಿಯೂರಪ್ಪನವರು ಪ್ರಮಾಣವಚನ ಸ್ವೀಕರಿಸಿದರು. ಆದರೆ ಸಚಿವರಿಗೆ ಖಾತೆ ಹಂಚಿಕೆ ವೇಳೆ ಭಿನ್ನಮತ ಉಲ್ಬಣಗೊಂಡಿತು. ಬಿಜೆಪಿ ಮತ್ತು ಜೆಡಿಎಸ್ ನಡುವಿನ ಸಮ್ಮಿಶ್ರ ಸರಕಾರ ಅಂತ್ಯಗೊಂಡು, ಯಡಿಯೂರಪ್ಪನವರು ನವೆಂಬರ್ 19, 2007ರಂದು ಮುಖ್ಯಮಂತ್ರಿ ಹುದ್ದೆಗೆ ರಾಜೀನಾಮೆ ನೀಡಿದರು.