ಮುಖರ್ಜಿ ಅವರು ತಮ್ಮ ಭಾಷಣವನ್ನು ಇನ್ನೇನು ಪೂರ್ಣಗೊಳಿಸಬೇಕು ಎನ್ನುವಾಗಲೇ ವಿದ್ಯಾರ್ಥಿಗಳ ಪ್ರತಿಭಟನೆ ಹೆಚ್ಚಾಯಿತು. ಇದರಿಂದ ಮುಖರ್ಜಿ ಹಾಗೂ ಅವರ ಜತೆಗಿದ್ದ ಉಳಿದ ಅತಿಥಿಗಳು ಕಾರ್ಯಕ್ರಮ ದಿಂದ ಹೊರ ನಡೆಯಬೇಕಾಯಿತು. ಎರಡೂ ದೇಶಗಳ ಉನ್ನತ ಶಿಕ್ಷಣ ಸಂಸ್ಥೆಗಳ ನಡುವಿನ ಒಪ್ಪಂದಕ್ಕೂ ಸಹಿ ಹಾಕುವುದಕ್ಕೂ ಕಾಯದೆ ಮುಖರ್ಜಿ ಕಾರ್ಯಕ್ರಮದಿಂದ ಹೊರ ನಡೆದರು.