ನವೀನ್ ಪಟ್ನಾಯಕ್ ಹಾಗೂ ವಾಜಪೇಯಿಯವರು ಬಲವಾದ ರಾಜಕೀಯ ಬಾಂಧವ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದರು. ಪಟ್ನಾಯಕ್ ಅವರು ಬಿಜು ಜನತಾ ದಳ ಪಕ್ಷ, ವಾಜಪೇಯಿ ನೇತೃತ್ವದ ಎನ್'ಡಿಎ ಸರ್ಕಾರದೊಂದಿಗೆ ಕೈಜೋಡಿಸಿ 1998-2004ರವರೆಗೂ ಸರ್ಕಾರ ನಡೆಸಿತ್ತು. ವಾಜಪೇಯಿಯವರ ಸಂಪುಟದಲ್ಲಿ ಪಟ್ನಾಯಕ್ ಅವರು ಗಣಿ ಸಚಿವರಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸಿದ್ದರು.