2016  ರ ಫೆ.9 ರ ಅಮಾನತು ಆದೇಶವನ್ನು ಎತ್ತಿ ಹಿಡಿದಿರುವ ಜೆಎನ್ ಯು ಸಮಿತಿಯ ಶಿಫಾರಸ್ಸನ್ನು ಕೋರ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ ಪ್ರಶ್ನಿಸುವುದಾಗಿ ಖಾಲಿದ್ ಹೇಳಿದ್ದಾನೆ. ಈ ಬಗ್ಗೆ ಸಾಮಾಜಿಕ ಜಾಲತಾಣದಲ್ಲಿ ಮಾಹಿತಿ ನೀಡಿರುವ ಖಾಲೀದ್ 2 ವರ್ಷಗಳಲ್ಲಿ ಮೂರನೆ ಬಾರಿಗೆ ಜೆಎನ್ ಯು ಆಡಳಿತ ಮಂಡಳಿ ನನ್ನ ವಿರುದ್ಧ ಅಮಾನತು ಆದೇಶವನ್ನು ಮುಂದುವರೆಸಿದೆ. ಇದು ಎಲ್ಲಾ ನೈಸರ್ಗಿಕ ನ್ಯಾಯದ ವಿರುದ್ಧವಾದ ಆದೇಶವಾಗಿದೆ. ಇದನ್ನು ಶೀಘ್ರವೇ ಬಯಲಿಗೆ ಎಳೆಯುತ್ತೇವೆ, ಮತ್ತೊಮ್ಮೆ ಕೋರ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ ಪ್ರಶ್ನಿಸುತ್ತೇವೆ ಎಂದು ಖಾಲೀದ್ ತಿಳಿಸಿದ್ದಾನೆ, 

ನಮ್ಮ ವಿರುದ್ಧದ ತನಿಖೆಯನ್ನು ಪೂರ್ವಾಗ್ರಹದಿಂದ ನಡೆಸಲಾಗಿದೆ, ಅಷ್ಟೇ ಅಲ್ಲದೇ ನಮ್ಮನ್ನು ವ್ಯವಸ್ಥಿತವಾಗಿ ಟಾರ್ಗೆಟ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತಿದೆ ಎಂದು ಪಿಹೆಚ್ ಡಿ ಮಾಡಲು ಜೆಎನ್ ಯು ಸೇರಿ ದೇಶವಿರೋಧಿ ಘೋಷಣೆ ಕೂಗಿರುವ ಉಮರ್ ಖಾಲೀದ್ ಆರೋಪಿಸಿದ್ದಾನೆ.  ಶಿಸ್ತಿನ ಮಾನದಂಡಗಳನ್ನು ಮೀರಿದ್ದಕ್ಕಾಗಿ ವಿವಿಯ 5 ಸದಸ್ಯರ ಸಮಿತಿ ಉಮರ್ ಖಾಲೀದ್ ಸೇರಿದಂತೆ ಇನ್ನೂ ಇಬ್ಬರು ವಿದ್ಯಾರ್ಥಿಗಳನ್ನು ಅಮಾನತುಗೊಳಿಸಿ 13 ವಿದ್ಯಾರ್ಥಿಗಳಿಗೆ ದಂಡ ವಿಧಿಸಲಾಗಿತ್ತು.