ನಾಪತ್ತೆ ಪ್ರಕರಣದಲ್ಲಿ ಸಿಬಿಐ ತನಿಖೆಯಲ್ಲಿ ಪಕ್ಷಪಾತದಿಂದ ಕೂಡಿದೆ ಎಂದು ನಜೀಬ್ ಅಹ್ಮದ್ ತಾಯಿ ಆರೋಪಿಸಿದ್ದಾರೆ. ಅಹ್ಮದ್ ನ ನಿಗೂಢ ನಾಪತ್ತೆ ಪ್ರಕರಣವನ್ನು ಮುಕ್ತಾಯಗೊಳಿಸುವುದಕ್ಕೆ ಸಿಬಿಐ ಗೆ ದೆಹಲಿ ಹೈಕೋರ್ಟ್ ಅನುಮತಿ ನೀಡಿತ್ತು. 

ರಾಜಕೀಯ ಕಾರಣಗಳಿಂದಾಗಿ ಪುತ್ರನ ನಿಗೂಢ ನಾಪತ್ತೆ ಪ್ರಕರಣದ ತನಿಖೆಯನ್ನು ಇತ್ಯರ್ಥಗೊಳಿಸದೇ ಮುಕ್ತಾಯಗೊಳಿಸಲಾಗುತ್ತಿದೆ ಎಂದು ಫಾತೀಮಾ ನಫೀಸ್ ಆರೋಪಿಸಿದ್ದರು. ಆದರೆ ಸಿಬಿಐ ಈ ಆರೋಪವನ್ನು ನಿರಾಕರಿಸಿದೆ. ಸಿಬಿಐ ನಡೆಯನ್ನು ಪ್ರಶ್ನಿಸಿ ಸುಪ್ರೀಂ ಕೋರ್ಟ್ ಮೆಟ್ಟಿಲೇರುವುದಾಗಿ ಫಾತೀಮಾ ನಫೀಜ್ ಹೇಳಿದ್ದಾರೆ.